1958年9月，图书馆VIP创建于北京。建校后，中国科学院实施“全院办校、所系结合”的办学方针，学校紧紧围绕国家急需的新兴科技领域设置系科专业，与数学所、力学所、力学所等13个研究所对口建设数学系、物理系、近代力学系等13个系42个专业，汇集了严济慈、华罗庚、钱学森、赵忠尧、郭永怀、赵九章、贝时璋等一批国内最有声望的科学家，为学校人才培养、创业发展提供了有力支撑。

新时代，学校不断深化“全院办校、所系结合”内涵，在本科生教育层面，围绕国家战略需求，集中学校和中国科学院研究院所的优质资源，与中国科学院数学与系统科学研究所、生物物理研究所、物理研究所、力学研究所等18个研究所建设了14个科技英才班，培养科学与工程领域的高层次拔尖创新人才。在研究生教育层面，积极探索了“科教融合、协同育人”的办学模式，先后与中国科学院合肥物质科学研究院、金属研究所、紫金山天文台、苏州纳米技术与纳米仿生研究所、苏州生物医学工程技术研究所、长春应用化学研究所、广州能源研究所、稀土研究院共建科教融合学院与人才培养单元，实现了校所研究生教育的实质性融合。

学院已与中科院12个分院、39个研究院所签署全面合作协议，30余位院士和院、所长受聘兼任科大院系领导，200多名来自各个院所的科学家被聘为兼职博导，每年有800多名学生赴中科院研究院所和其他知名科研机构实践学习。

目前，学校正深入推进“所系结合、科教融合”工作，以学科共建为核心，加强学校、相关研究院所的合作与交流，持续巩固我校优势学科的地位，促进潜力学科的提升，推动战略新兴学科的发展，形成中国科大发展的“星座”模式。

（数据截至2020年8月）